bueno, en mi caso yo he usado symfony+doctrine, y como por ahí me han dicho que en zend framework también se puede usar doctrine, he de decirte que es uno de los ORM que más placer me produce al usar, así que si pienso utilizar algún día ZF no dudaré en usar doctrine
en cuanto al IDE, puedes adquirir el zend studio que obviamente debe de tener sus prestaciones a la hora de desarrollar proyectos con el ZF, pero también tienes ahora la alternativa de usar
NetBeans 6.9 que aparte de incluir soporte para symfony, incluye soporte para ZF, y puedo decirte que es una maravilla el asistente de comandos y la detección de las variables pasadas a las plantillas, no dudo que ofrezca lo mismo para con ZF.
desventajas obviamente no te podré decir nada ya que no he utilizado ZF