investiga sobre DDL que es la parte del SQL que te permite crear tablas, y en cuanto a la base de datos, la función
mysql_create_db o:
http://www.w3schools.com/php/php_mysql_create.asp
como mínimo debes de tener una base de datos global que se encargaría del registro de usuarios, y de registrar a que bases de datos tiene acceso cada uno
