El texto viene directamente desde un textarea?
Al guardar el archivo ves que haya algo de esto: \n\r ?
A ver, fijate si esto te sirve:
http://www.forosdelweb.com/f18/escri...rchivo-322472/
Respecto al chr(13), yo no se usarlo. Pero fijate acá:
http://www.webestilo.com/foros/mensa...ro=3&msg=37532
Ponen este ejemplo: fwrite($handle , chr(13).chr(10));