Claro, es una buena idea instalar otro joomla si es que quieres determinantemente tener VirtueMart. Yo habría activado las URL amigables..
Pero bueno, otra opción es instalar un
CMS especializado en vendas.
Al crear un subdominio no tienes que pasar ningún archivo a ninguna parte. Simplemente lo creas desde el
HOSTING y listo.
Suerte