Muestra como lo hiciste.
Respecto de lo que dice pateketrueke, creo que bastaría con usar implode()
Código PHP:
...
for($i=0; $i<count($clientes); $i++)
{
$linea=explode("separador",$clientes[$i]); //separo el registro en campos
if($cedu == $linea[0]) // $linea[0] = cedula del registro i
{
$linea[1]=$nom; //valor que viene de un form
$linea[2]=$ape;
$clientes[$i]=implode("separador",$linea);
}
}
...
//al final
file_put_contents("ruta/archivo",implode("\n",$clientes));