Imagino (no conozco tus datos) que algo así:
Código PHP:
...
for($i=0; $i<count($clientes); $i++)
{
$linea=explode("separador",$clientes[$i]); //separo el registro en campos
if($cedu == $linea[0]) // $linea[0] = cedula del registro i
{
$linea[1]=$nom; //valor que viene de un form
$linea[2]=$ape;
$clientes[$i]=implode("seperador",$linea);
}
}
...
//al final
file_put_contents("ruta/archivo",$clientes);
Espero no haberme equivocado.