Puedes organizar la web en carpetas sin ningún problema, pero los links a cualquier elemento tienen que estar correctamente dirigidos a su carpeta correspondiente.
Es decir, si tu index.html está en
public_html/web/spa/index.html
Y ese fichero tiene una imagen como:
<img src="imagenes/cab_index.png"; alt="volver al index"; style="border:none;">
está buscando la imagen en 'public_html/web/spa/imagenes/cab_index.png' y la hoja de stilos en 'public_html/web/spa/camping.css'
Tienes que poner los caminos correctamente de acuerdo a tu organización. Por ejemplo tu hoja de estilos estaria en:
../../camping.css