Tampoco es que sepa mucho de ficheros pero intentare ayudarte algo. :S
Primero de todo decirte que php es un lenguaje del tipo servidor, es decir, no puedes hacer:
Código PHP:
echo "¿Seguro que desea modificar este registro?si/no \n";
y esperar que el usuario responda.
dentro del for:
Código PHP:
$clientes[] = explode(";",$archivo[$i]);
No se si esto es del todo correcto, luego lo pruebo y te digo si funciona
Cuando hazes count($clientes) es lo mismo que poner count($lineas) ademas $clientes no es un array bidimensional, es decir no puedes hacer $clientes[$i][0], o por lo menos que yo sepa.
Te recomendaria que primero mirases esto:
http://www.desarrolloweb.com/manuales/75/
O algun otro tutorial de gestion de ficheros.