Hola DarkWatch, por lo que veo sólo comparas los id de tus tablas, es decir, todos los id's que se existan en la tabla1 que no existan en la tabla2 son los que se insertan correcto? prueba con esto:
Código SQL:
Ver originalINSERT INTO tabla2
SELECT * FROM tabla1
WHERE id NOT IN (SELECT id FROM dbo.tabla2)
Saludos
Leo.