por ahora no existe forma de controlar la característica zoom de cualquier navegador, pero creo que el problema se debe a que usas %, IE tiene un molesto bug al respecto que ocurre cuando redimencionas la ventana, entonces las capas
porcentuales no ajustan debidamente y quedan unas debajo de otras, molesto, lo sé, pero la solución es simple y creo que te puede funcionar.
la solución es quitar décimas a una de las capas, por ejemplo supongamos que tengo 2 columnas, una de 20% y otra de 80%, a una le quito 0.1%, quedando: 19.99% y 80%, visualmente es imperceptible pero en IE funciona de maravilla, inténtalo, si no funciona a la primera, quitale 0.1 más: 19.98% y 80%, prueba y postea los resultados
PD: este truco lo ví en la plantilla global de joomla XD