comparto con pateketrueke.
deberías generarte una costante de la base de tu proyecto y usar esa base para enlazar a cuarquier archivo en el transcurso de tu proyecto, por ejemplo Joomla define de esta manera sus constantes:
Código PHP:
define( 'JPATH_SITE', JPATH_ROOT );
define( 'JPATH_CONFIGURATION', JPATH_ROOT );
define( 'JPATH_ADMINISTRATOR', JPATH_ROOT.DS.'administrator' );
define( 'JPATH_XMLRPC', JPATH_ROOT.DS.'xmlrpc' );
define( 'JPATH_LIBRARIES', JPATH_ROOT.DS.'libraries' );
define( 'JPATH_PLUGINS', JPATH_ROOT.DS.'plugins' );
define( 'JPATH_INSTALLATION', JPATH_ROOT.DS.'installation' );
define( 'JPATH_THEMES' , JPATH_BASE.DS.'templates' );
define( 'JPATH_CACHE', JPATH_BASE.DS.'cache');
Donde JPATH_ROOT es la base del proyecto y todos los arvhivos hacen referencia primero a esta base y a la carpeta donde puede encontrase el JS, CSS, imágen, MP3, etc., creo que es una forma ordenada de desarrollo de sistemas web