Bueno te aconseje que no utilizes el javascript y que pases el formulario de frente al otro archivo.. ya que con php tambien puedes recorrer el check y hacer lo mismo que haces en el javascript.
Pero si insistes... lo que puedes hacer es antes de hacer submit, llamar a la funcion javascript y en esta recorrer como lo haces el check... pero no crees un arreglo, sino concatena los valores y luego lo pones en el value del input hidden.
Nota. insisto que mas sencillo seria con php ^^
Suerte
