Buen consejo (hacer respaldo antes de mover algo importante). Les recomiendo el módulo Backup and Migrate.
Y sobre instalar carpetas dentro del Core, tal como afirma NUCKLEAR, también he visto que no es lo correcto. La manera apropiada según mi poca experiencia es crear dentro de la carpeta sites/all; y ahí crear una carpeta llamada modules, otra llamada themes y ahí ir metiendo los nuevos módulos y temas, así mismo borrarlos cuando ya no las necesitemos, y no dentro del Core. Saludos.
