bueno al final lo hice de esta forma que es la unica que se me ocurre si hay algo mejor comentar expongo el codigo por si alguien lo necesita
var total="";
var a= document.getElementsByName('grupos');
for(i=0;i<a.length;++i)
{
if(a[i].checked)
{
total +=a[i].value + ","
}
}
cargo el valor de los box en una variable var total y seprao por comas.
saludos