Hola, por si a alguien le interesa, lo he resuelto sustituyendo todas las vocales de valor (estén o no acentuadas), un poco chapuzas pero funciona:
Cita: valor=valor.replace("a", "(a|á|A|Á)");
valor=valor.replace("e", "(e|é|E|É)");
valor=valor.replace("i", "(i|í|I|Í)");
valor=valor.replace("o", "(o|ó|O|Ó)");
valor=valor.replace("u", "(u|ú|U|Ú)");
valor=valor.replace("A", "(a|á|A|Á)");
valor=valor.replace("E", "(e|é|E|É)");
etc....
sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter("(?i).*" +valor+ ".*"));
jTable1.setRowSorter(sorter);
Un Saludo.