A lo mejor y te sirve esta explicación sencilla:
http://www.devtroce.com/2010/03/26/verificar-y-crear-directorio-con-java/
Yo hice un pequeño método y, pues... a ver si es lo que necesitas:
Código:
private void moverArchivoCategoria() {
File folder = null;
System.out.println(System.getProperty("os.name"));
if(System.getProperty("os.name").contains("Windows")){
folder = new File("C:\\PROGRAMAS\\"+cmb_CategoriaPrograma.getSelectedItem());
}
else if(System.getProperty("os.name").contains("Linux")){
folder = new File("/etc/PROGRAMAS/"+cmb_CategoriaPrograma.getSelectedItem());
}
else{
System.exit(0);
}
folder.mkdirs();
File newFile = new File(folder.getPath()+"\\"+ficheroSeleccionado.getName());
System.out.println(newFile);
ficheroSeleccionado.renameTo(newFile);
JOptionPane.showMessageDialog(null,"Traspaso de Archivo CORRECTO!");
}