file_get_contents($file) te devuelve el contenido del archivo en una cadena, no interpreta lo que esa cadena significa, puede tener cualqueir cosa.
Como alternativa, podrias usar serialize() para generar una cadena que puedas guardar en el archivo, y unserialize() para interpretarla y regenerar el array.
http://ar2.php.net/manual/es/function.serialize.php
Saludos!