No, como Chuidiang te ha dicho, un Applet no es más que un contenedor, no es un código que te permite hacer cosas.
Tu haces un programa en Java, totalmente funcional, y luego puedes querer que se ejecute en una web o en un PC como un .exe cualquiera. En el caso de que lo quieras para web, necesitas meterlo dentro de un contenedor (el applet) para el programa pueda comunicarse con el navegador.
Por lo que pone aquí
http://download.oracle.com/javase/1....g/JApplet.html
JApplet es una versión de los Applet que añade JFC/Swing, por lo que si no vas a utilizarlo en web, no necesitas usar JApplet.