Es que php te toma solo el basename, no te toma todo el texto completo del campo file, sino solo el nombre de la imágen.
Código PHP:
Ver original$_FILES['imagen']['tmp_name']; // esto te trae la ruta absoluta del archivo temporal, por ej: "/home/usr/.../archivo.jpg"
$_FILES['imagen']['name']; // esto devuelve el nombre del archivo, por ej: "archivo.jpg"
Y si el problema es solo porque no quieres que en el campo file se muestre toda la ruta, lamento decirte que no es posible. Salvo que encuentres algun hack js para el campo file, pero lo veo muy complicado.