bueno creo q te falta el parentesis para agrupar la condicion ej:
Código PHP:
if( !empty($_POST['nombre_select']) or !empty($_POST['pass']))
$sql="select mo.nombre,ma.nombre, mo.obs_modelo
from modelos mo, marcas ma
where mo.mar_id_marca = ma.id_marca and
(mo.mar_id_marca = '$sel' or mo.nombre = '$nombre' )";
asi agrupas la condicion del or espero te sirva