Prueba con esto... ojo que cambie la variable $query_pagar (la ultima) por $query_upagar y todos los mysql_fetch_assoc por mysql_fetch_array
Código PHP:
if($pagar != ""){
$sql_pagar = "SELECT *
FROM vendedores
WHERE gerente = '$gerente'
OR Id = '$gerente'";
$query_pagar = mysql_query($sql_pagar) or die("Error mysql_query1(): ".mysql_error());
echo $sql_pagar."<br><br><hr>";
while($array_pagar = mysql_fetch_array($query_pagar) or die("Error mysql_fetch_array1(): ".mysql_error())){
$vendedor = $array_pagar['Id'];
$sql_pagado="SELECT *
FROM vendedores INNER JOIN comisiones ON comisiones.Id_Vendedor = vendedores.Id
WHERE comisiones.pagado = '0'
AND vendedores.Id = '$vendedor'";
$query_pagado = mysql_query($sql_pagado) or die("Error mysql_query2(): ".mysql_error());
echo $sql_pagado."<br><br><hr>";
while($array_pagado = mysql_fetch_array($query_pagado) or die("Error mysql_fetch_array2(): ".mysql_error())){
$update_pagar="UPDATE comisiones
SET pagado = '1'
WHERE Id_Vendedor = '".$array_pagado['Id_Vendedor']."'
AND Orden = '".$array_pagado['Orden']."'
AND pagado = '0'";
echo $update_pagar."<br>";
$query_upagar = mysql_query($update_pagar) or die("Error mysql_query3(): ".mysql_error());
}
}
if($query_upagar != ""){
echo "<center><font color='blue'>El pago de las comisiones ha sido registrado correctamente</b>.</font></center>";
}
}
Suerte!