Bueno, ya que me dan algo de aval, ¿por qué no?
Coincido con
daPhyre en que podría oprimirse un enlace por equivocación si el menú está en el lado derecho y el usuario trata de utilizar la barra de desplazamiento; sin embargo, es precisamente porque la barra de desplazamiento está a la derecha que muchas veces resulta mejor colocar el menu vertical en el lado derecho. Los formularios de búsqueda también están en el lado derecho (la gente está acostumbrada a encontrarlos en la parte superior derecha de la página), así que si estos tres elementos (1. Barra de desplazamiento vertical; 2. Formulario de búsqueda; 3. Menú vertical) están del lado derecho, el usuario podrá navegar por el sitio, leer (desplazarce) y realizar búsquedas sin necesidad de desplazar el puntero del mouse de izquierda a derecha repetidamente, lo que resulta molesto para cualquier usuario: ¿a quién le gusta estar moviendo la mano de un lado para otro? ¿no es más fácil desplazar el puntero hacia arriba y hacia abajo?
Carlangueitor muestra claramente en la imagen cuales son las zonas más vistas al entrar en una página, sin embargo estos valores pueden cambiar de acuerdo a la jerarquía visual que tengan los elementos de tu sito. De entrada los usuarios no leen sino que escanean, observando inicialmente lo que más les llama la atención y buscando un "punto de entrada" por donde empezar a leer. Combinando tamaños de letras, contrastes, imagenes y colores puedes atraer al usuario bien sea a tu menú, al contenido que publicas, a la cabecera e incluso al pie de página.
También estoy de acuerdo con
dots3r y la posición de los menues dependiendo de la finalidad del sitio y su tamaño(contenido). Aunque también cabe la posiblidad de que un menú vertical no sea necesario, y sea mejor eliminarlo y dejar solo la barra de navegación horizontal (si existian ambos) o reemplazarlo por esta última (si no existía), como es el caso de sitios web tipo portafolio empresarial (de unas 8 páginas).
Lo que hay que hacer es crear un modelo de navegación que te gustaría siguiesen tus visitantes/clientes y de acuerdo a esto colocar los elementos/enlaces/contenidos en tu sitio de tal forma que les muestres un "camino a seguir". Trata de agrupar todas las opciones/enlaces comunes en un mismo sitio para facilitar la navegación (Grupo de enlaces principales, Grupo de enlaces secundarios, etc.) colocándolos en las columnas laterales y a un lado de la cabecera de tu sitio.
PD: Cuando diseñamos un sitio lo hacemos imaginando como navegará un usuario en ese sitio, pero después de todo siempre será imaginando como nosotros navegaremos en el. Conclusión: tu nunca eres el usuario