Estructura de Archivos EN PHP

[perryjr]

1) Como tu mejor quieras la verdad. Yo suelo separar el código del frontend que coloco en una carpeta llamada templates. Cada vez que necesito incluir algo pues llamo al archivo necesario que en PHP lo único que tiene son echo's para las variables y foros para recorrer las listas. Punto. Solo lo necesario para el frontend.

2) En verdad a ti en principio no te importa que se acceda a través de FTP(del cPanel, vamos) porque para entrar necesitan el usuario y la contraseña que tienes. Lo que te importa es que vean los archivos desde fuera. Por ejemplo, en el caso del archivo de la base de datos con las contraseñas en mi caso son 5 simples líneas para el usuario, la dirección, el puerto, la contraseña, etc. Simplemente declara las variables sin hacer nada más. Si alguien intenta acceder al archivo se ejecutará y devolverá el resultado(y dado que no he puesto ningún print, echo ni ningún código, estará vacío). Si es algo sensible que si puede poner resultados sensibles y que no quieres que toquen deberás usar un archivo ".htaccess" en el directorio que quieras. Te ADVIERTO que no todos los hostings aceptan estos archivos, consultalo primero. El archivo deberá tener algo así:
Bueno, ahora mismo no estoy seguro porque no lo tengo delante, si no va, googlea.
<FilesMatch ".*">
Order allow,deny
Allow from None
Deny from All
</FilesMatch>
Puede cambiar el filtro de los archivos (".*")

3) Si, evidentemente si. Claro que para eso te pagan, no?