si no entendí mal tu problema, debes meter tu tabla dentro de un div con tamaño fijo, en sus propiedades css debes agregar: "overflow:auto" de esa manera si la tabla excede el tamaño del div, ya sea horizontal o vertical, aparecerán barras de desplazamiento adecuadas.
Procura dejar el div un poco holgado, ya que navegadores diferentes te crean barras de desplazamiento de tamaños diferentes, y podrían hacer que te aparezca una barra vertical u horizontal que no deseas.
este es un ejemplo:
Código HTML:
Ver original<div style="width:200px;height:500px;overflow:auto">