A ver una cosa es el s.o. y otra cosa el software que manejes.
Con respecto a lo de los archivos o los cd, no tendras ningun problema.
El hecho que manejes una particion NTFS estas manejando seguridad mas no un tipo de archivos exclusivos de nt no se si sea muy claro.
La unica manera que te presentaria problema es que poseas 2 s.o. en tu pc y desde el w98 quieras accesar los archivos en la particion NTFS eso si no lo podras hacer pero si los pasas a una particion FAT podras tener en mismo acceso sin ningun problema
