Bueno caballeros ya lo solucione, el problema residia en que yo creabá un Lanzador de Aplicación en Terminal y por eso siempre me mostraba una ventana de Terminal, la cual debia mantenerla abierta para que JDownloader siguiese funcionando...
Ahora bien despues de buscar y buscar simplemente se me ocurrio que en vez de elegir
Aplicación en Terminal deberia escoger solo
Lanzador de Aplicación y puse el mismo comando
java -jar JDownloader.jar y listo me lo abre y no me muestra ninguna ventana...
Asunto solucionado...
Gracias a todos los que han colaborado se los agradezco muchisimo...
