Preparar texto para maquetar

[Rafael]

Alberto, primero que nada ¡Bienvenido!

También te felicito por plantear tan clara tu pregunta.

Estoy casi seguro de que el problema viene desde el mismo pdf. Dentro de las cosas que hace el pdf para mantener el formato, específicamente en este caso el interlineado de un documento, es "tronar" el texto en líneas individuales (por lo menos es así en mi experiencia).

Lo que podrías hacer, probablemente más rápido, es hacer un reemplazo de todos los saltos de línea sencillos con un espacio.

Probablemente preparar antes, los saltos de línea reales (cámbios de párrafo) con un caracter raro, digamos > y después volver a reemplazar este caracter por un Enter real.