Lo del sonido podría ser que las agujas o patas lectoras del disco estén muy pegadas a los discos, lo que podría hacer que el disco pierda vida útil...
Y lo del software... pienso que serían para desfragmentar el disco, mira estos a ver...
http://www.softonic.com/s/programas-para-desfragmentar-disco-duro
Saludos!
PD: No pude poner en enlace dentro de una palabra... no se por qué...