Prueba a copiar esos archivos infectados al PC. Una vez allí los escaneas con el antivirus y los desinfectas.
Luego borra los que tengas en la memoria externa y copias los archivos desinfectados de nuevo a la memoria.
Para evitar futuros problemas vacuna la unidad usb con un Vaccine. Lo que impedirá que infecte al pc con virus de fuera.
Tienes muchos pero el mas completo es
Panda Vaccine.
Un saludo!