Me respondo a mi mismo, aunque no acabo de comprender el funcionamiento...
Haciendo un pequeño cambio en el codigo consigo que funcione, quitando el $(function(){}); y poniendole un nombre a esa funcion. "unaFuncion"
Código:
$.ajax({
type: 'GET',
data: parametros,
url: href,
dataType: 'html',
success: function (msg) {
$.getScript(href, function () {
unaFuncion();
});
paginaActual = nombrePagina;
$("#contenedorVariable").html(msg);
$("#contenedorVariable title").remove();
}
});