Código PHP:
<?php wp_list_cats('sort_column=name&hierarchical=1&hide_empty=1child_of=1&exclude=1,2');?>
En child_of el id de una categoría en concreto si es el caso y en exclude las subcategorías que quieres omitir o viceversa puedes poner include=1,2 los id de las sub que quieres mostrar