Más que un pop-up te recomiendo usar un "Virtual Box" (el cual se centra automáticamente) y genera problemas con los bloqueadores; checa esta herramienta:
http://www.moord.it/examples/virtual_single
Si quieres ver un ejemplo otra aplicación (que yo mismo implementé) visita la siguiente página y haz clic en el botón que dice "Ver Obra"; arriba a la derecha del contenido principal, junto donde dice " Pisos Industriales para Tráfico Pesado" ...
http://www.arquitex.com.mx/pisos-ind...co-pesado.html