Bueno, al final pude lograrlo, asi que coloco la solucion, ya que puede que alguien tenga el mismo problema.
El problema que yo tenia era que al ingresar un comentario a un textarea, el comentario lo enviaba mediante un ajax por get a otra pagina, y de ahi a un popup, y resulta que en el envio de la informacion al ajax se me perdian los saltos de lineas, "\r\n", y despues de intentar varias opciones encontradas en internet, de las cuales ninguna me funciono, decidi que lo mas adecuado sería encontrar los "\r\n" en el comentario y reemplazarlo por <br/> de manera que el branch me quede como texto dentro del comentario que voy a enviar a traves del ajax, y posteriormente solo al recuperar el valor, simplemente imprimirlo.
quedando el codigo mas o menos asi:
<script type="text/javascript">
var aphrq=false;
function mostraretiqueta(num){
if(document.getElementsByName("etiqueta")[0].value==''){
alert("Debe ingresar información que desea que aparesca en la etiqueta");
return false;
}else{
var sb="";
var re = new RegExp ('\n', 'gi') ;
var etiqueta=document.getElementsByName("etiqueta")[0].value;
sb = etiqueta.replace(re, '<br/>') ;
re=new RegExp('\n','gi');
sb=sb.replace(re,'');
etiqueta=sb;
}
if(window.XMLHttpRequest){
aphrq = new XMLHttpRequest();
} else {
aphrq = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
}
var url="unaetiquetaajax.php?t=in&etiqueta="+etiqueta+ "&op="+num;
aphrq.onreadystatechange = procesa_ver;
aphrq.open("GET",url,true);
aphrq.send(null);
}
</script>
y al imprimirlo se hace de la siguiente manera:
<div id="capa-a">
<? if($_REQUEST["op"]==1){
echo $_REQUEST["etiqueta"];
} ?>
</div>
Bueno eso es, espero que les sea util.