Son dos funciones diferentes, asi que si.. tenes que cambiarlas a todas. Con un include lo veo un "raro" de lograr, en todo caso con el "buscar y reemplazar" de tu editor.
Ademas tene en cuenta todas las otras que empiezan con mssql_* tambien tendras que buscarle su equivalente.
Para la proxima, si al script lo vas a desarrollar vos, mejor usa PDO (
http://www.php.net/manual/es/book.pdo.php) asi te ahorras parte de este tipo de problemas.
Saludos!