Puedes ejecutar codigos de otros archivos usando eval()
Por ejemplo un usuario sube un .zip, se descomprime y solo hay un archivo llamado "plugin.php", tienes que ejecutar el codigo que contiene ese archivo, entonces podrias hacer algo como:
Código PHP:
<?php
$codigo = file_get_contents('plugin.php');
eval("?>".$codigo."<?php");
?>
Espero que te sirva, saludos