Hola DeFFer...
Es realmente interesante tu propuesta. No había pensado en un 'if' y me estaba atando solamente a las posibilidades del 'array'.
Solo una pregunta para acabar de entender tu código que funciona perfectamente:
Código PHP:
if($total - 1 != $i)
echo '"'.$var.'",';
El código de arriba significa que si el último valor de la array (-1) no es igual a cero, debe imprimir el valor con la coma?