Hola:
Dependerá de como desplieges las capas... pero básicamente deberías guardar la capa desplegada de alguna manera (por ejemplo guardando en un array de capas desplegadas sus id's):
deplegadas = [];
function desplegar(id) {
desplegadas.push(id);
document.getElementById(id).style.display = "block";
}
Y luego al body de la página le programas el evento click con una función que repliegue las capas: body onclick="restaurar()"... y...
function restaurar() {
while (desplegadas.length > 0)
document.getElementById(desplegadas.pop()).style.d isplay = "none";
}
Supongo que algo así te puede servir.
Saludos