No puedes camibiarle el directorio de ejecución a un contenedor web mientras está en marcha. No sólo seguramente ignore el cambio, sino que si lo consiguieras seguramente todo el código del servidor que depende de saber donde está fallaría.
Lo mejor es cambiar el código para decirle explicitamente donde ha de crear los ficheros. Ya se que no es lo que te gustaría oir, pero...
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Si usas algo como el Eclipse, usando el "buscar en ficheros" por "new File" te puede facilitar las cosas.
S!