Hola Rafael:
No te entendí bien, pero si pones el script en cada página, las variables son diferentes...
Por lo que dices, supongo que entre las páginas hay algún vínculo, así que en vez de duplicar el script, puedes acceder desde una de las páginas al valor de la variable de la otra usando ese vínculo... (parent, opener... target...)
Tal vez con más datos pueda darte una respuesta más atinada...
Saludos
