Todo depende del sistema operativo de tu servidor y de la cantidad de archivos para esas 21 gb, y de las aplicaciones que tenga tu servidor
Puedes comprimirlos en el servidor y así además lo tendrás todo en un solo archivo, (si el servidor tiene esa aplicación) luego hacer el archivo accesible desde la web y descargarlo a tu equipo.
luego súbelo al nuevo, así por ejmplo:
http://www.tecnobot.com/2007/07/12/php-uploads-via-web/