El problema sería que crearas urls distintas para una misma noticia, por ejemplo:
dominio.com/portada/noticia-numero-uno.html
dominio.com/seccion/noticia-numero-uno.html
Sobre que la portada de las secciones cambien y la noticia que un día estaba en la primera página, 3 días después ya no aparezca no hay ningún problema. No haría nada extra o especial, esa estructuración es muy habitual hoy día. ¿Cuál es el problema de indexación que encuentras?