Bueno lo primero de las carpetas no hay necesidad de crear un nuevo directorio cada vez tan solo usa .htaccess y redirecciona la url y esta la recoge un php :) te explico mejor:
Código PHP:
Ver original<?php
$usuario=$_GET["usuario"];
echo $usuario;
?>
en el archivo .htaccess colocas lo siguiente:
Código Apache:
Ver originalOptions +FollowSymLinks
RewriteEngine on
Rewriterule ^/(.*)$ index.php?usuario=$1
espero te sirva :)