¿Las noticias aparecen completas en las secciones?, es decir una noticia aparecería 3 veces si está en la portada, en la portada de su sección y en la página de la noticia. O quieres decir que la misma noticia aparece en 2 páginas que se crean desde cada una de las secciones.
Lo mejor es reducir el contenido duplicado (en la medida de lo posible), indepedientemente de lo que respondas a la pregunta de cómo está montado el sitio.
En caso de que mantengas la estructura, porque lo consideres la mejor para los usuarios, lo que tienes que hacer no es usar el rel="nofollow" sino la etiqueta
rel="canonical". <---- enlace del centro para webmasters de Google.
