no he trabajado con thickbox aun pero creo que hacerlo con jquery-ui dialog es mas sencillo ya que ofrece mejor control y la ventana que se crea al ser un contenedor cualquiera (div, p, td, etc..) hace parte del DOM, inclusive hay un ejemplo concreto sobre eso, aqui.
http://jqueryui.com/demos/dialog/#modal-form
saludos