Primero: tira a la basura el MySQL 6.0.4 alpha. Fue una versión de prueba fallida que no se implementó (de hecho, no instales versiones
alpha si las vas a usar en desarrollo, son las peores). La ersión que la reemplazó fue la 5.1.x.
Instala el MySQL 5.1.x o 5.4.x, que son las versiones que están actualmente vigentes.
tu problema es que la instalación de MySQL que estás usando no tiene activadoo el motor de tablas InnoDB. Simplemente reemplaza ese MySQL por la release vigente que más te convenga.
Dowload: MySQL Community Server