Con las funciones de PHP de tratamiento de directorios/archivos puedes leer directorios (incluso de forma recursiva si es necesario) .. abrir los archivos y buscar algun dato en el ..
Lo ideal es que te hagas o busques algun script que te indexe el contenido de tus directorios ..Las busquedas serán mas rápidas ..
Una vez encontrado el dato .. no tines mas que hacer la consulta a tu BD pertinente (INSERT) para guardar esos datos ...
Podrias revisar algun sitema de buscador en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...earch_Engines/
Un saludo,