Haz lo mismo que con tu win98.
Solamente pon tu cd de windows 2000 y pon tu maquina a bootear por cd el te ira dando los pasos correspondientes a la instalación.
Cuando lleges a una opción de formatear el disco duro puedes escojer dos opciones:
1. Como Fat 32
2. Como NTFS
Ten en cuenta que con que fat32 podras accesar los datos si empiezas en modo DOS pero con NTFS no podras hacerlo, ademas si instalas otro s.o. en tu maquina no podras ver las particiones NTFS.
El resto es lo mismo de las instalaciones windows un wizard y dale pa' lante y lo mas importante cuando pongas la contraseña del administrador no se te vaya a olvidar por que practicamente te tocaria volver a hacer la instalacion.
Good Luck!!!