el problema esta aqui:
Código PHP:
while($result=mysql_fetch_array($con)){
$agenda = array(
"0" => array("nombre"=>"$result[usuario]", "pass"=>"$result[password]", "email"=>"$result[email]")
);
}
cada vez que lees un registro de la db siempre te genera la variable $agenda nuevamente al final de la consulta solo guardo en tu arreglo una sola vez
lo puedes solucionar con:
Código PHP:
array_insert($agenda,1,array("nombre"=>"$result[usuario]", "pass"=>"$result[password]", "email"=>"$result[email]") )