Entiendo tu punto, Es cierto que pueda parecer confuso, pero muchos editores de texto, no te ofreceran guardar el archivo con la codificación que pases a tu documento en el html. sino que te ofrecerán las opciones ascii, unicode, utf-8 en algunos casos. y muchos simplemente creen que indicando una codificación con el charset, eso convierte automaticamente tu documento en dicha codificación. Debe de haber una coincidencia entre una cosa y la otra, lo que declares con el header y como lo guardes con tu editor.
Hace un tiempo deje una guia en
http://foros.emprear.com/codificar/guia.php
que quizás ayude a visualizar el error.
Saludos