hasta donde tengo entendido el query te hace la ejecucion de la consulta luego para obtener el dato se debe hacer un mysql_fetch_array, mysql_fetch_assoc entre otros y mostrarlo poniendo tu mismo ejemplo te faltaria
Código PHP:
$query=mysql_query("select count(*) as total from tabla") or die (mysql_error());
$total=mysql_fetch_array($query);
echo "el total es ".$otal['total'];
bueno es lo que tengo entendido disculpen si no es asi y corrijan para sino e asi aprender suerte